Я предполагаю, что дело в водостоках крыши, они как раз подходят к вентиляции салона, прикрытой пластиковой черной накладкой, а за ней вуаля- отверстие в багажник.
Еще, как мне кажется, по этой причине у некоторых сгнивают арки задних колес, самый верх, даже при наличии подкрылок с завода...