Двигателю абсолютнофиолетово, чем его крутят.
Стартером, рукояткой, ....
Но.
Когда стартером - задействован аккумулятор.
А ЭБУ отказывается работать при напряжении меньше 9 В.
Поэтому мысль.
Просадка напряжения.
Или стартер клинит и он требует большой ток или плохая масса на двигатель и кузов.