Попробуй ослабить подушки, завести мотор на ХХ, чуток поработать и затянуть. Может, при замене подушек его малость перекосило? И ещё, штаны о лонжерон не стучат, случаем? А задняя опора, после КПП которая, не брякает (потряси за хвостовик КПП руками)?